明总兵马世龙受命指挥各路援兵，保卫京师。后金军见此次南下目的已经达到，于次年正月连克通州、迁安、遵化、滦州（今河北滦县）诸镇北归。
十二月一日，崇祯帝逮捕袁崇焕，祖大寿在旁见此情景，战栗失措，立刻逃回锦州。袁崇焕下狱，辽东兵溃，皇太极所率后金兵继续得以在京师附近攻掠。他们见北京不可下，便西趋良乡，克固安，然后返回，过北京近郊时得到消息，原来攻下的十余城皆叛。
袁崇焕被逮捕时，是孤身一人。
在面对敌人数千兵力的情况下，与后金军交战，在京营出击接应的情况下，击退了后金军。这时袁崇焕急不可待地要入城“议饷”。
袁崇焕来到北京城下。北京这时是九门戒严，城门禁闭。城上用绳子吊一个筐子下来，袁崇焕就坐在筐子里被提到城上。
袁崇焕到了平台之后，崇祯皇帝严肃地坐在那里，没有议军饷，而是下令将袁崇焕逮捕。
袁崇焕被逮捕，原因或许有三，其一，袁崇焕提出五年平辽，但是却让后金兵马肆虐京师，这是自土木堡之变后，京城再度受到敌军攻击。
其二，这一次侵袭，让京畿的经济被破坏，勋贵高官们的利益破损，而且不少人亲属伤亡，导致民意沸腾。
其三，也是因为皇太极的反间计奏效。
而且崇祯因为东林党党争一事，厌恶了朝廷内部无休无止的争吵，便开始了快刀斩乱麻的“唯结果论”的政治政策。
当年导致萨尔浒之战战败的杨镐，被关在牢里十多年，最后被崇祯拉出来，当了第一个刀下之鬼。
袁崇焕被捕，也在意料之中，到了后来八月，袁崇焕被凌迟处死，京师百姓食其皮肉，大概就是因为后金这次侵袭，让百姓们愤恨袁崇焕没能挡住后金吧。
后金这次侵入，其一使庙社震惊，根本动摇。皇太极率军进攻北京，标志着崇祯帝中兴之梦的破灭。
明朝京畿地区的防御体系遭到重创或破坏，失去（阵亡或被俘）总兵赵率教、满桂、孙祖寿、麻登云、黑云龙、朱国彦六员，兵部尚书王洽、工部尚书张凤翔、蓟辽督师袁崇焕、遵化巡抚王元雅、总理蓟辽保军务刘策等或死或下狱。明朝受到巨大震动，元气大伤。
第二，阉党余孽，掌控阁部。后金军撤退之后，明廷没有认真地总结经验教训，而是借机倾轧，进行党争。
崇祯帝没有从全局分析北京己巳之役的历史经验和教训，而是以杀袁崇焕出气、泄愤。
阉党余孽借机翻逆案，打击东林党。东林党内阁大学士韩爌、钱龙锡、成基命、李标等去职，而代之以周延儒、温体仁等佞臣入主内阁。六部九卿也相应变更。这标志着崇祯新政的结束。
第三，京师城防，守备虚懈。在此战之前，北京人过了180年的和平生活，战争突然降临，没有任何实际准备。
守城官兵既不知道火器的名称，也不知道火器的使用。北京城险些丧于皇太极之手。这次战役在明清易代史上具有极为重大的意义：从宏观上来说，它标志着双方战略形势的又一次重大转变。明朝的堡垒推进、经济feng锁和外交联盟政策都在此役后逐渐瓦解，永久性地失去了战略主动。
第四，财富被掠，生民涂炭。京畿、京东地区遭到后金军的大肆掳掠。占领永平的后金贝勒阿敏撤退时，进行屠城。
总之，后金军队殃及的地区，生民涂炭，百业凋零。这些都加剧了明朝的社会矛盾，加速明朝灭亡。