木叶32年~37年，忍界各个国家间的经济差距加大，以《加大公平的特权》为由，各国的武斗派势力纷纷抬头。推行以武力来扩大领土的政策，凄惨的第二次忍界大战开始了，木叶，云隐，沙隐三大忍村在雨之国激战，最终木叶胜利，战争意味着死亡，死亡也意味着仇恨的开端，仇恨终究导致更大的战争，可惜最终木叶战局优势，但因为没有办法战胜雨隐村首领“山椒鱼半藏”，却也难以称之为胜利。
到了第二年，战争转入局部式战斗，火之国突入了风之国的境内，雷之国突入土之国的境内。就在这一年，由于伤亡人数的加大以及各国物资消耗过大等情况，第二次忍界大战结束，当然了，这次战争只是表面上是结束了，但是各大忍村私底下却是频繁出手试探，若是私下试探的人被抓住，皆被各大国冠以不听命令，私自出动的名号放弃了，所以表面上忍界得到了和平，但是大忍村的较量却从来没有停止过。
当然，这一次大战虽然也是残酷的，却也涌现了许许多多优秀的忍者，也发生了许多大事。
来自木叶村的自来也、大蛇丸、纲手三人大战雨隐村的半神“山椒鱼”半藏，得到半藏赐名“木叶的三忍”，木叶三忍扬名忍界，开启了各自传奇的一生！
自来也在战场之上发现并收留了“弥彦”“长门”“小楠”三人，而且在这一过程中，意外发现了长门的“轮回眼”，导致自来也留下来教导三人，企图以自己所谓的“爱”感化三人，使得长门善用轮回眼，造福忍界。
旗木朔茂在战场上杀死了千代婆婆的儿子和儿媳，两人皆是砂隐村强大的精英忍者，除此之外，更是有大量上忍死于旗木茂塑手中，“木叶白牙”旗木茂塑闻名天下，成为了忍界公认的强者。
砂隐村的忍者在战场上使用了千代婆婆的毒药，使得其它忍村得伤亡增大，众人无奈之际，木叶村初代火影的孙女千手纲手，利用自身强大的医疗忍术，成功破解了千代婆婆的毒药，使得木叶伤亡大大减少，也使得千手纲手的医疗忍术在战场上大放异彩，成名忍界。
有着忍界之神的初代火影千手柱间，他的孙子，千手绳树在战场上，因为误入爆炸符坑，被炸死在了战场之上，因为其血脉的特殊性，各国觊觎木遁的血脉，当木叶的忍者发现千手绳树的尸体时，他的内脏早已经被全部被掏空了，千手柱间这一脉的嫡系血脉遭到了灭杀。
木叶村拥有特殊忍术的加藤断，在战场之上重伤致死，加藤断乃是千手纲手的恋人，千手纲手赶来也没有能够救的回来，只能眼睁睁看着加藤断死去，加藤断的“灵化之术”能将自己灵化成活的灵魂，无视距离穿梭并杀害敌人，可以控制对方身体和进入他人精神世界，断凭借此术击败了很多强大的忍者。
然而，也就是在这次大战中，各国忍村的高层们发现了一个可怕的事实，那就是“血继限界”在这场战争中发挥了可怕的作用，大战中出现了许多特别的忍术，这些忍术在战场之上威力惊人，各国大量的战力被血继限界在战场上毁灭，这也导致了五大国对血继的忌惮，使得各国想要将这种力量抓在手中，若是不能抓在手中，便只能毁灭，所以各国高层做出了决定，派出自己国的忍村，对拥有血继限界的家族进行收编，不能收编的话便直接灭杀，决心让血继限界得到掌控，而各国不约而同间所展开的计划，称之为“血继限界清除计划”。
所谓的血继限界，忍界之中已知的查克拉的性质变化分为：火、风、雷、土、水。
当两种查克拉性质变化同时混合使用就会产生新的遁术，称之为“血继限界”，通常只有极少数的忍者可以自己开发出这种新的遁术，然而一旦成功了的话，这种新的遁术就会被忍者的基因记录下来，通过血缘关系传给自己的下一代，当然这是多数的情况吓得血继限界。
还有另外一种情况，某些忍者身体的某个器官异于常人，所以获得了特殊的能力，这种情况也属于血继限界，例如宇智波一族的写轮眼、日向一族的白眼、辉夜一族的尸骨脉，当然，由于这一类得血继比较特殊，所以容易引起忍者村的打压和收编。
当然，通过混合不同属性的查克拉形成血继限界是很难出现的，因为每一个人类出生后，自身的查克拉属性便固定了下来，大部分人的查克拉属性天生只有一种，忍者可以通过反复修炼习得其它属性得查克拉，两种查克拉混合，因为其属性不同，且具备一定得不兼容性，所以混合查克拉时容易发生爆炸，出现伤亡，当然，这个世界上并不缺少天才，把两种查克拉混合称之为血继限界，然而土之国的二代土影却将三种查克拉成功混合，创造了“血继淘汰”。
这些血继限界在战场上却是发挥了巨大的作用，所以各大忍村希望将这些力量都掌握在自己的手中，若是不能掌握在自己的手中，也要将这些血继限界付之一炬，以免日后在战争之中威胁到各自的村子。
忍界经过发展，除了五大国的五大忍村之外，其中亦是有着许许多多的小型忍村，许许多多的血继限界，这些忍村要么就是依附于五大国的忍村以求生存，要么就是躲藏在暗处，以求不被五大国的忍村发现，导致带来灾祸。
然而经过五大忍村多年的搜索打探，还是将绝大多数小忍村收编，灭杀，其中逃出生天者，十不存一。
在这次血继限界清除计划中，被灭杀和收编的血继限界不计其数，五大国再次向世人展示了自身的武力，然而，这次计划其中的杀戮所带来的仇恨，却也为忍界埋下了无尽的祸根，当这些祸根爆发之时，必将掀起滔天巨浪。