轩辕回到陈都以后，召集天下万民将蚩尤公省，宣布了蚩尤的十大罪状，最后却是决定将蚩尤当场砍首示众。众军士将用红绳绑着着蚩尤押来，蚩尤只一脸不屑，轩辕也不多话，吩咐军士行刑，军士抡起大刀就朝蚩尤脖子砍去，却是听见“嘣”的一声，大刀断成两截，而蚩尤却是完好无事。蚩尤乃是祖巫之躯，寻常刀剑如何能伤得了蚩尤？
轩辕只吩咐众人换刀再行砍过，却是一连嘣坏了十几刀斧。
蚩尤只哈哈大笑，众人无不变色。轩辕无奈，吩骏马分别拉着蚩尤地头和四躯往五个方向拉去，却是将骏马拉得口吐白沫，蚩尤也是没事一般，蚩尤高声笑道：“轩辕小儿，我劝你还是少费心思，若无那玄木相助，你岂是我的对手？”
这一句话却是点醒了轩辕，轩辕心道蚩尤乃是圣师所擒，圣师定有办法对付蚩尤。于是，赶紧吩咐众人将圣师画像取出，率领众人焚香跪拜，一柱香烧完，只见天空中径直里一把宝剑飞到了画像前，那宝剑寒光闪闪，威势逼人。蚩尤一见那把宝剑，顿时面色大变，仰天骂道：“可恶承慈道人，我与你往日无怨，近日无愁，你为何欺人太甚？”此剑正是妖皇帝俊所炼制的戮巫剑，自然对付得了蚩尤。此剑当初巫妖战后为承慈所得，后承慈以此换回蚩尤的记忆，使得蚩尤发展脱离了西方教的掌控，致使九黎部落中几乎都是巫族势力，西方教也得不到发展。蚩尤战败后承慈便又收了回去。
轩辕见此情景，大喜，将那剑取了，对准蚩尤便是刷刷几剑斩下去，顿时将那蚩尤斩成了五块，却也奇怪，那蚩尤鲜血也不外流，而是全部喷到了那把宝剑之上，此时天外又有七彩霞光飞到了那把宝剑之上。轩辕只大惊，正要吩咐军士将蚩尤分别埋在洪荒的五个角落，却是见天空中一道青光闪过，承慈出现在了跟前，轩辕等人急忙跪拜。
承慈扶起轩辕道：“共主且起来说话！共主如今斩杀蚩尤，天降功德，洪荒从此一统，人族合该大兴，却是可喜！”接着又道：“这蚩尤尸体就此交给贫道如何？”
轩辕如何不从？轩辕只将朝着那绑着蚩尤尸体地红绳一指，道一声“起！”却见那五块蚩尤尸体只一齐向那轮回地狱方向飞去。
轩辕将那把蚩尤剑递还过来，道：“还要谢圣师赐剑之德，全了我此次征讨之功！”
承慈也不接剑，道：“此剑本为几千年前妖皇帝俊收集日月精华所炼，后为蚩尤所有，原本杀气非常，但在那九九寂灭大阵中被我用造人鞭中的大功德祭炼，如今又被你用来斩杀蚩尤，获得天降功德，也不是一寻常之物，现今就赐予你。你可采取人族刚诞生时聚居之地首阳山之铜混合你身上人皇之气重新炼过，端的可成为镇压洪荒人族气运的圣器，当为你之后历代人族共主所佩带，就取名字为轩辕剑吧！”后轩辕在炼制轩辕剑过程中，所采集的首阳山之铜有剩余，便又炼制了一把震天弓和一支穿云箭，此震天弓和穿云箭有那后天灵宝境界，遗在陈塘关不提。
轩辕大喜，原来这剑还是一件如此了得地宝物，赶忙谢过。轩辕又拜道：“如今洪荒已平，人族将以何大兴，还望圣师指点一二？”
承慈眼中含笑的看了一眼立在轩辕身后的嫘祖，嫫母，笑着对轩辕说道：“贫道听闻天帝曾派下九天玄女道友辅佐陛下。九天玄女道友得女娲娘娘教导，有三宫秘略五音权谋之本。陛下日后可多多向其请教。”说完转过身，默默得翻了个白眼身形淡化消失在了原地。
黄帝奠定天下后，在九天玄女的制定国家的职官制度，如以云为名的中央职官，管宗族事务的称青云，管军事的称缙云，又设置了左右大监，负责监督天下诸部落。风后、力牧、常先、大鸿被任命为治民的大臣。他又经常封祭山川鬼神。他以神蓍推算和制定了历法。轩辕黄帝的功绩之一是“艺五种”。“五种”，是指“黍、稷、菽、麦、稻”五谷。神农氏仅能种植黍、稷，而黄帝则能种植多种粮食作物，表明黄帝使当时的原始农业有了进一步的发展。后来，在以黄帝为祖先的姬姓部落里就出现了一个农业方面成绩卓著的领袖——弃。传说他是周人的祖先，被尊为后稷。他能认识不同土壤，并懂得拔去杂草，还知道挑选良种。黄帝时代农业生产的发展还规定了中国文化后来发展的基本方向，形成建立在农业文明基础上的独特的中华文明。