南宋初年，赵构精简机构，军器监下辖的东西作坊并入御前军器所，地方都作院也归军器所统辖，军器监并入工部，但不久又复设，而御前军器所虽然名义由工部和军器监管辖，实际上却由宦官提领。
军器监和工部及户部的权力纷争很大，军器监管理都作院之前，转运使司统管地方财政，统筹地方资源进行各项建设，军器监成立后兵器事务，都归军器监管理。
在行驶职能的过程中，军器监只注重政绩成效，却忽略了财政上的负担，军器监发布命令，令地方修造兵器所造成的财政缺口，是军器监和户部矛盾的关键，因此他认为军器监、都作院是户部之害。
苏辙提出将作监，都水监，军器监都应隶属户部，由户部决定其事之可否，费之多少，而工部决定其功之苦良和程作的迟速，如此方能使得工部无法辞其谴，而户部也无从逃避责任，天下利出于一。
其核心内容是在中央把将作、都水、军器三监交由工部、户部共同监督，由户部审定各项工程的预算，工部决定可行性，地方上原属三监的事务由转运使司负责。
宋初强干弱枝，对地方财政严格控制，哲宗朝后国库日益空虚，地方转运使司所支配的钱财有限，加上都作院制造兵器的消耗，财政捉襟见肘，因而户部和管理都作院的军器监的矛盾不免激化，于是将财政消耗的原因归罪于军器监。
苏辙的建议被朝廷采纳，军器监开始同时受到工部和户部的监管，以后军器监遇有修造之事必须申请户部，同意后方可进行，军器监主导兵器修造的地位逐渐被架空。
对于军器监和各个机构，在监管兵器事务上的矛盾，宋人记载中有明确的体现。靖康年间，金兵南下，势如破竹。
时“有炮五百余座在郊外，不收入城，兵部则曰属朝廷系枢密院合收，枢密院则曰自有所属耳，军器监，提举官，内侍也方以罪去。京城所则曰，京城所掌守御也，未守御，何预于我哉。或谓驾部当理会，驾部则曰库部何不收，终不能搬入城，既金人至城下，尽为攻城之用”。
金人兵临汴京城下时，宋廷的各个机构依旧是相互掣肘，其事权不一，责任不明的弊端暴露无遗。
宋代重文抑武和政治变化对军器监的影响也很大。
首先来看传统儒家思想和重文轻武方针对军器监的影响。
北宋立国，重文抑武，而文臣是靠科举进入仕途的，深受儒家思想的影响。
儒学的发展和官僚政治的完善相辅相成，有宋一代，由于国家政策对文臣的明显倾斜，文官的地位达到了历史高峰。在这样的方针之下，儒家思想对国家各项政策的制定和实践产生了很大影响。
传统儒家思想认为“国之大事，在祀与戎”，对于军事国防是十分重视的，也会留意军器修造事务。
宋代，儒家士大夫官僚对于军事国防也是十分在意的，《武经总要》的编纂者曾公亮就是仁宗年间的进士，是真正的儒家士大夫，而熙宁变法的主导者，提倡强兵的王安石更是当世大儒。
可以认为，儒家思想对军事国防和兵器修造，起到过有正面的作用，儒家官僚士大夫对于军事技术的进步也是有所作为的。
但是这并不能说明把兵器事务放到十分重要的位置，儒家思想的核心理念是通过科举考试，成为官员，为国家贡献自己的力量。
宋代重视儒学和文化发展，文官待遇优厚，而科举考试所必须的知识是儒家经学，在这样的理念之下，士大夫即使是重视兵器事务，也仅仅是重政务而轻技艺。