按照韦珣的看法，日军在吃亏一次之后会调集两到三个师团的兵力，加上台南台中的兵力，然后以牵制义勇军主力，然后分派人马控制台北台中，南北夹击压缩义勇军的活动空间。
对此，韦珣的构想是第二师在台南进行游击战，在运动中牵制日军。放弃交通便利地区的村落和城镇，然后分而击之。
台北方面只能完全放弃，再熬两个月新兵应该就可以上阵，到时候择地决战，歼灭大量日军有生力量之后就能获得半年左右的修生养息。到时候手握雄兵七八万，还怕日本人登陆作战吗？
就凭日军现在的装备和战术以及作战士气，比起三十年后的战斗力估计也就四成左右。论战斗力，世界范围只是一支二流偏上的现代军队，也就在东亚这边值得一提。
九月5日，沉寂了两个月多的日军逐渐有了动作，日军第五师团由基隆港登陆，第三师团台南登陆，台中港的日军也在蠢蠢欲动。
原本台南打得你来我往的战斗在近两万日军进入战场后，一路势如破竹。先是在台南大屏山击破了义勇军阵地，随后紧追不舍，双方又在大岗山附近激战。义勇军经此一战损失近万，其中大多数是刘永福的黑旗军和台南附近乡镇的义勇，就连韦珣的精锐都损失了三千人。
义勇军第二师迫于日军兵威最后只在高雄的上平山一带略作抵抗后就全师撤退到屏东县，依托山势河流与日军对峙。
日军占据台南高雄两地之后大肆烧杀抢掠，虽然疏散了不少民众，可人离香乡贱，不少除了家里那点破盆烂碗之外没有什么的人都不想离开。
仅一周时间，台北周边到高雄，除了交通不便的地方，几乎没有哪个村子可以幸免。
而在台北，日军第五师团休整两天后气势汹汹的坐火车赶到新竹，被韦珣布置的一个团阻击了三天，给予日军两千余人的杀伤后自身伤亡了一千三百人撤退到苗栗文山阵地。
告急、陷落的书信频频传递到韦珣的面前，面对台中城中的质疑和出兵的催促。韦珣没有多作解释，也没有心情解释。只能心情沉重的将司令部迁到了大肚山阵地。
台南台中之间的嘉义、彰化、云林三县无险可守，日军除了遇到零星抵抗就在九月26日就肃清台岛铁路沿线，兵锋直指彰化。而彰化，乃是台中西南方向的门户。
日军港口的第二师团也在之前运动彰化西面的和安宫附近，若不是大肚山和彰化城东山上都有韦珣布置的阵地，彰化早已陷落。
九月30日，日军第三师团和第二师团在和庆宫合军，军力多达三万人，若不是日军需要在占领区留下驻防部队，恐怕四万都会有。韦珣一方则是因为要布防台中城西北的屏障五股山，所以在彰化县东边的山地以及大肚山布置了两个阵地，总兵力一万两千人，一旦日军从两山之间进攻台中城必定会被包围夹击。
十月3日，日军占领彰化县城，兵临大肚山阵地。