就这样，由于明军没能在短时间内歼灭皇太极的清军先头部队，随着一支又一支清军从镇江相继赶到，南京的战场形势又渐渐地再一次开始了逆转。一度形成的神策门包围圈，又被后援清军冲开，而皇太极也转危为安。再接下来，从玄武湖、幕府山、到钟山的明孝陵，都成了两军激烈拉锯的战场。
随着速决战的妄想破产，毫无章法的混乱战斗持续了一天又一天，一座又一座精美的寺庙或宅邸被烧成白地，明军虽然依旧占着上风，但始终无法取得全胜，甚至一直不能控制住整座南京城。
由于南京皇宫距离双方反复争夺的战场前线太近，而且已经在战火中变得残破不堪，崇祯帝只得在钟山的明孝陵设立了御营，一边祈祷朱元璋的在天之灵保佑自己，一边继续指挥这场漫长而艰苦的战斗。而皇太极则在幕府山脚下的燕子矶立下大营，对着八旗将士指天发誓，这一次不拿下南京就决不罢休！
需要注意的是，皇太极的清军虽然是外来的客军，但在江南这片地方也不是没有支持者就像寻死的人，如果一次自杀失败，通常就没有勇气立即开始第二次自杀一样。原本已经对局势灰心绝望的东林党人，看到清军大举南下，来找他们算账的崇祯皇帝似乎未必能坐得上金銮殿，于是又纷纷心思浮动起来。
其中，此次“借师助剿”的两个主谋，首辅周延儒和他的学生张溥，一个在南京战场为清军指点地理、筹集粮秣，一个在镇江渡口督促水师船只，从江北的扬州转运清军兵马。而其他一些还没有跑远的东林君子，也纷纷站了出来，虽然南京朝廷下属的正规军已经全垮了，但这些人凭着他们在地方上的影响力，还是很快组织起了一票乌合之众，前来南京战场上帮助“大清友邦”，顺便到南京城里抢点儿东西。
不过，东林党固然是江南的地头蛇，但如今的崇祯皇帝，同样也不算是外来户。
在发现这些满口道德文章的东林君子，居然再一次刷新了他们的下限，以至于不惜投靠鞑子，也要跟自己这个正统天子作对到底之后，这位穿越版的崇祯皇帝陛下顿时暴跳如雷，于是一边向湖广和江西的后方催讨援兵，一边立刻召来已经投靠他的南京勋贵，还有倒戈归顺的地方官员，要他们发动乡民，讨伐东林逆党，所获财富女子尽可以自取之。结果，就很快导致了战争规模和战争范围的急剧扩大化。
江南的东林党在这些年固然已经是搞得无父无君、目无朝纲，甚至像同时期的波兰农庄主们一样崇尚地主阶级自由化。但崇祯皇帝代表的大明朝廷二百年正统权威，毕竟不是那么容易磨灭的。而江南地方上的势力，也还没有到东林党一手遮天的程度说到底，东林党并不是现代那种结构严密、如臂指使的革命政党，而只是一个类似地主缙绅政治俱乐部的松散组织，进党离党都是司空见惯之事。偏偏任何一个地方的缙绅大户，都不可能是铁板一块，所以东林党在地方上有多少支持者，就同样有多少死对头。
更重要的是，学过动物学的朋友们都知道，哪怕是最原始的草履虫，都有趋利避害的生物本能，更何况是思维能力丰富的人类呢？眼下东林党拥立的永和伪帝，已经逃窜无踪，如果再不拨乱反正，回到崇祯陛下的阵营里来，还能怎么选择呢？难道要去给这些浑身臭烘烘的女真鞑虏当奴才吗？
结果，在这两大政治力量的撕扯之下，先是南京周边，然后是整个江南，都爆发了地主团练之间的大规模群殴。许多地主大户举着各自的旗号，用刀枪清算起了彼此之前的新仇旧怨。再加上之前民间的各种抢米骚乱也还没平息，各路武林大侠们组织起来的乱党还在跳腾，此外又有闻香教的分支势力，也跟着渡江的清军，一齐进入江南民间，挑起各种骚乱……明军、清军、邪教、地主、水匪、山贼、饥民，各色各样五花八门的势力一齐登场，把这片素称宁静富饶的江南水乡，给彻底打成了一锅粥。
到了崇祯六年十一月十九日的时候，已经僵持了多日的明清两军，终于在南京战场上形成了总对决的态势。其中，清军历经多次增援和连日损耗之后，还剩大约三万人，盘踞在长江之畔的幕府山一带，同时控制着南京城北部，神策门附近的一小片市区。而明军的总兵力则达到了九万人，盘踞明孝陵所在的钟山立寨布阵，同时控制着南京城区的绝大部分，但不仅骑兵匮乏，而且长江上的水师也不占优势。
至此，一场决定南方未来命运的大会战，即将在幕府山和钟山之间，玄武湖东岸的狭窄平原上打响，双方这次都是拿出了倾国之军作为赌注，究竟是崇祯皇帝坐上南京的金銮殿，将四分五裂的大明帝国重新捏合起来，还是八旗铁骑征服江南，让昙花一现的大清帝国死灰复燃，都要在这场决战中得出结果。
然而，就在这个明清大决战一触即发的时候，本已在南京这边久战疲惫，只是凭着一股精神在咬牙硬撑的崇祯皇帝，却又从一名风尘仆仆的使者口中，得知了自家后院失火的糟糕消息。
“……什么？湖广有变？武昌、襄阳陷落？！温体仁首辅带着皇后和太子逃过来了？！！”
就在崇祯皇帝跟皇太极鏖战南京的时候，在中原蛰伏已久的流寇却趁机展开了大行动，直捣他的后方：李自成从河南杀入襄阳，横扫汉水上游；张献忠从淮西翻越大别山攻入汉阳，随即又渡江攻占了武昌。留守武昌的温体仁首辅根本无力抵抗，只得护卫着皇室成员登上船只，仓促朝着下游方向逃亡。
更要命的是，没等崇祯皇帝下令封锁消息，这个噩耗就已经在军中传播开来了……