但太古人的折磨，还远远没有结束。
因为他们过去的文明程度以及技术手段，实在太高了，高到失控的程度。
如果是今日的地球，损失70%人口的战争，一定无法持续下去。
但太古人不同。
他们拥有可以自我思考的纳米机械。
“彻底消灭对方，直到末日为止！”
在意识到凭借太古人本身的力量，无法赢得战争之后，三个世界的太古统治者们，纷纷以各种不同的方式，向他们的纳米机械，下达了这样的命令。
于是，战争进入了第二阶段。
如果说，第一阶段的太古内战，还是太古人之间的互相杀戮。
那么，到了第二阶段，战争的主要方式，就变成了可以随心所欲凝聚各种恐怖形态，永不疲倦，永不枯竭，永不毁灭，还可以无限复制的纳米机械，对太古人的屠杀。
纳米机械不止是可以化作水银般的液态金属机器人那么简单。
纳米机械还可以侵入动植物和真菌类的体内，把他们改造成各种凶残绝伦的“妖兽，魔兽”，“妖化植物”以及“菌毯”，并且，植入“杀死敌对太古人”的命令。
于是，在太古人的眼里，就好像整个世界一夜之间，全都“疯了”，无论花草树木还是蛇虫鼠蚁还是豺狼虎豹，都变成了冷酷无情的杀戮机器，向他们发动源源不绝，潮水般的进攻。
这一阶段的战争，又杀死了90%的幸存者。
残存下来的太古人，只能蜷缩在一个个貌似坚固的避难所里瑟瑟发抖，看着外面“嘶嘶”作响的菌毯和妖化植物无限生长，等待着死亡的丧钟随时敲响。
所谓的文明，国家以及社会结构，都被彻底瓦解。
昔日灿烂辉煌的太古文明，以及高高在上的太古人，并没有毁于灵气枯竭和超空间的狂乱风暴。
却是毁于自身的野心，欲望和愚蠢，是自己吞噬了自己。
直到此刻，幸存者们终于醒悟，却是悔之晚矣！
三个世界最后的清醒者，终于想方设法搭上了线，下定了无论如何都要控制住战斗纳米机械的恣意屠戮，结束这场荒谬战争的决心。
他们用了整整一百年，才关闭或者修改了肆虐三个世界的全部纳米机械的模式，从“屠杀模式”切换成了“正常模式”。
这期间，自然又发生了无数惊心动魄的冒险，涌现出无数可歌可泣的故事，太古文明的英雄们终于在穷途末路的尽头，重新焕发出一丝人性的光辉。
但这样的落日余晖，并不足以照亮前路。
就算他们将所有纳米机械都切换回到了正常模式，却仍旧无法阻止太古文明的崩溃和湮灭。
这场战争持续实在太久，造成的创伤实在太严重，所有幸存下来的太古人，眼里全都失去了智慧的神采，甚至比茹毛饮血的野兽更加不如——至少野兽还有生存的希望，还有野兽的骄傲。
而这些太古人已经变成了行尸走肉，背负了太多耻辱的他们，已经没办法再重建一个灿烂辉煌的文明，只想早日结束眼前荒谬和残酷的一切。
更加重要的是，他们缺乏能量。
纳米机械虽然能无限复制，自主思考并且重建一切，问题是，它需要输入大量的高纯度能量——也就是灵气。
但专家学者们曾经预测无数次的灵气枯竭，终于在短暂的停滞之后，再度启动。
无论地球还是修仙界、幻魔界的灵气浓度，一天比一天更低。
太古人没有灵气，就像鱼儿离开了水，只能日渐憔悴，奄奄一息。
而纳米机械缺乏了灵气，也不得不进入休眠状态，变成各种结晶和矿石，或者沉睡于天地万物的细胞最深处。