而吴国的水师建设，自太伯在此立国时就已经开始，而等王位传至第十九世孙寿梦之时，水军的力量已经相当强大。吴国的水军建设，既是出于自立于诸侯、争夺霸权的需要，也是受惠于其天然的地理条件：吴国其地位于长江中下游，河湖密布，水网交错，极易于行驶船只、训练水军。
但是，虽然中国的水军建设始于吴国，但到了吴王寿梦之时，拥有水师的国家并不仅有吴国一家，包括楚、越、齐等沿江或沿海的诸侯国也纷纷建立了自己的水上部队，只不过在这些诸侯国中，吴国的水军由于发展时间久、训练方法得当、造船技术也更为先进，因而在这些诸侯国中处于领先地位。吴国水军的优势，从其几次与他国交战的过程中就可以看出。因为这些诸侯国之间经常发生战争，战争的主要展开区域在长江中下游区域以及今天的山东、江苏一带。
在吴王夫差大败越王勾践的夫椒之战中，吴国制胜的关键是自己精良的水军。自吴王阖闾战死后，夫差发誓为其父报仇，加紧训练军队。而越王勾践听到这一消息，不顾大夫范蠡的劝阻，想先发制人，于是出兵攻打吴国。夫差闻讯后，调集国内全部水、陆
精兵迎战。而双方的主战场则在夫椒，也即今江苏苏州西南太湖中的一个小岛。吴国水军训练有素，又抢占了有利地形，因而大败越军，乘胜占领越国都邑稽城。越王勾践身边只余五千将士，被吴军围困在会稽山不得动弹，最后只得向吴王俯首称臣。
因为吴、楚、越几国都位于长江流域，三国水师之间的往来作战还是主要依托长江以及其他一些小的内河流域为主，此时吴国的水上部队还只能称为水军，其作战范围真正延伸到海上则是在与东方强国齐的交战中。
与齐国的交战发生在吴王夫差当政之时，当时夫差正因为战胜越国而志得意满，想要进一步扩大自己的统治区域，又以为南面已经没有吴国的对手，于是将目光转向了齐国，引发了中国历史上的第一次海战。公元前485年，夫差以大夫徐承为主帅，分海、陆两军进攻齐国。徐承率军从长江口出发，沿着黄海海道直扑山东半岛。
关于这次战争的经过，存在不同说法，有人认为齐国当时并没有派军队从海上迎战；有人则坚持当时吴、齐两国的军队在黄海展开了激战，这次战争的最终结果是吴军因为长途跋涉、疲敝不堪而为齐国所击败。这次战争的意义十分重大，吴军出师远征，从长江口到山东半岛，海岸漫长，补给问题、医疗问题、军械维护问题等十分庞杂，这表明当时吴国的造船水平和航海能力已经达到了一定成就。
确实，按照《汉书·艺文志》中收录的伍子胥的十篇《水战兵法》来看，吴国当时已经拥有了长十二丈、广一丈六尺，可容纳战士二十六人、舳舰三人、擢五人、操长矛勾斧四吏仆射各一人共九十一人的大船。而且伍子胥也仿照当时陆军的情况，为吴国水师建立了严密的编制。
而尤其值得一提的是，吴国在北上伐齐的过程中，为了水上行军的方便，修建了中国历史上第一条明确见于记载的运河，也即邗沟。
在春秋之前，长江和淮水之间是互相隔绝的，东南如吴、越等国和北方中原各国之间没有天然水道相连，对于以舟楫而非兵车为主要作战工具的吴国来说十分不便。因而吴王夫差决定开凿邗沟，以今天的扬州市西长江边为始，向东北方向开凿航道，沿途连缀湖泊，开挖水道，一直延伸到射阳湖，在淮安城北五里处与淮河连接。吴王原本的设想是，这样一来，便可避免由长江入海再由海入淮河的绕远奔波之苦，也可免于海上行军的风险。
虽然吴军进犯齐国之时最终还是选择了从海上行军，但不能否认当时夫差开凿此运河完全是出于军事目的。
吴国后来为越所灭，但其修建的邗沟却一直延续到了后世。隋朝大业年间，隋炀帝为了满足自己穷奢极欲、玩乐享受的欲望，下令“发淮南民十余万开邗沟，自山阳至扬江”，在吴王夫差的基础上进一步对邗沟进行修整扩大，在其北端的位置修建北神堰，用以调节湖水，隋炀帝进一步扩大邗沟旧道，使其南起江都，北至山阳。后来在邗沟的基础上，隋炀帝征调十万民夫进一步修建永济渠、通济渠，连接江南河，开通了举世闻名的京杭大运河，沟通了长江、钱塘江、淮河、海河、黄河五大水系之间的往来交通。
可以说，虽然吴王夫差开掘邗沟是出于军事的考虑，隋炀帝后来扩建这一人工运河也是为了满足自己南下江南的欲望，但不可否认的是，这条运河在中国的南北交通、经济往来甚至是国家统一的过程中都起到了巨大的作用，可以看做是军事推动社会进步的典型范例。
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