赤眉军震惊无比，他们连忙转头往回逃去，但冯异的追兵，却已经蜂拥而至，赤眉军战不敢战、逃无可逃，终于都缴械投降了。
刘盆子带着二十多名赤眉军的将领，捧着传国玉玺，奉着更始帝的七尺青锋，全部都赤裸着上身，去到了阵前请降。赤眉军上缴的兵器盔甲，堆得像熊耳山一样高。
刘秀先让他们饱餐了一顿，然后亲自前去查看，他笑着问刘盆子，“你自知死罪吗？”
“臣罪该万死，但庆幸陛下赦免了我。”刘盆子小心翼翼地回答。
“你这个小子真滑头，我答应过赦免你了吗？看来我们刘家果然没有傻子啊！”刘秀高兴地说。
刘秀又转身问那二十几个赤眉军的将领：“你们是真心投降的吗？真的不会反悔的吗？”
赤眉军的丞相徐宣从容地回答：“我等君臣刚出长安东门，就已经在商议要归降圣主了。这样，百姓们就可以坐享其成了，因为不可以同百姓商量国事，所以我们没有说出来，我们今天回朝廷请降，就可以脱离苦海了，可以解脱了，我们归依了慈母，我们只有欢欣鼓舞，我们绝不会反悔的。”
“那你们呢？”刘秀又问向了那些将领：“你们如果不服，完全可以拿走这些兵器和甲仗。”刘秀指了指那堆得像山一样的甲仗：“你们可以整兵再战。”
赤眉军众将领匍匐在地，齐声说：“不敢！我们绝不反悔。”
刘秀收降了赤眉军的十几万的降军，他把刘盆子放在了赵王刘良的部下任郎中，又赐了他荥阳的地产，让他坐食租税。其他的赤眉军的将领，也都得到了赦免，刘秀把他们安置在洛阳居住，每人赐宅一座，赐田两顷。几个月后，樊崇等人不安于田主的现状，他们又密谋反叛。打算召集旧部东山再起。但没能逃过徐福的这双，三百多岁的眼睛。他们都被刘秀击杀了。从此以后，起自新莽天凤五年，纵横山东十余年的赤眉军，便退出了政治舞台了。
关中的赤眉军虽然被消灭了，但关中的匪患仍然很是严重，以延岑为最大一股的悍匪，各自据守着一座座的城池，都自封为将军的至少有十数股。多的有数万人的军队，少的也有数千个人。他们互相之间，都经常发生着混战。
冯异且战且往前行进，他进入了长安，屯兵在上林苑。他打算以上林苑为基地，一来利用它的较为复杂的地形，二来上林苑山林物产非常丰富。可以在困难的时候补充军用物资的需求。但他不急于迅速地结束西面的战事，他要建立一个后方的基地。
果不出冯异之所料，延岑自封为武安王，他纠集了其他的数股的匪军，对冯异进行了大举的进攻，但被早已有准备的冯异所击败。延岑逃到了析县，被邓晔和于匡又击败了，他又窜入了南阳郡，继续与建武朝进行作对。
但是冯异的处境也极为艰难，他的粮草始终不济，士兵们经常采集上林苑中的野果野菜进行充饥。刘秀便任命了扶风太守，带着兵马和粮草，前往上林苑帮助冯异。冯异终于站住了脚跟，他再接再厉、步步为营，不从者攻灭，归降者有赏，逐步地遣散了叛军，让他们各归了本业。从此，冯异的汉军威震了关中，从此以后，有少量的叛军南下，投靠了公孙述以外，关中的全部土地，都也被建武所光复了。