第三，京城守备虚懈。在此之前，京师过了180年和平日子。等到战争突然降临，从上至下都没有任何实际性准备，守城军队一片混乱，京城险些丧于后金之手。
最后，财富被掠，生民涂炭。京畿、京东地区遭到大肆掳掠，生民涂炭，百业凋零。以上这些都加剧了明国社会矛盾，加速了明国灭亡。
这次战役在历史上具有极重大意义。它标志着明清双方战略形势的重大转变：之前明国的堡垒推进、经济封锁和外交联盟政策都在此役前后陆续瓦解，明国永久性地失去了战略主动权。
除去以上这些损失之外，潘多拉的魔盒里还跑出了另外一些东西。
就在己巳之变后不久，大明朝廷迫于财政压力，放开了“捐班”限制，开始大规模出卖官帽子。
这之前历代朝廷虽说也卖官，不过那都是给商人卖一个监生头衔，好方便子弟将来参与科举，总量可控。
而这一次的卖官却是大规模的，举国上下只要出了钱的就可以做官，甚至可以买到实职官职。然后此风愈演愈烈，到了崇祯末年，一个京官就卖到了3000两银子。
众所周知，每当朝廷大肆卖官时，也就该倒闭了汉末，清末，明末，无不如此。
在开闸卖官的同时，崇祯继续开始了加税。历史上就在明年，皇帝又把天下田课由九厘提高到一分二厘，派银六百六十七万余两，实征银五百二十二万余两。另加关税、盐课及杂项，共征银七百四十万八千二百九十八两。
朝廷加一两税，底下的官吏至少也要借着机会收三两税出来中饱私囊，于是大明的精血就这样一轮轮吸干。
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己巳之变最后一样恶劣后果，是导致了山陕农民军的壮大。
之前崇祯看到后金大军入关，于是发出了勤王诏。
接到诏书后，延绥巡抚张梦鲸、陕西巡抚刘广生、陕西三边总督杨鹤、甘肃巡抚梅之焕等人当即抽调各边镇精兵17000余人，由沿边五大镇总兵率领部队进京勤王。
在勤王军进京的路上，噩梦开始了。
首先，明代有这么个规定：客军到达地头后，当天是不放粮的。
山西总兵张鸿功的军队到达京圜地区后，慌了手脚的兵部先是下令该部驻扎通州，第二天又转去昌平，第三天又让去守良乡。
这就导致张鸿功的军队连续三天没吃没喝。
明末各边镇的军制原本就已烂到了骨子里，没什么纪律可言。士兵长期缺粮欠饷，原本就怨声载道，结果这一回千里勤王，到头来连肚子都吃不饱。
又饥又饿之下，兵士们只好在驻地抢夺民间粮食。
滑稽的一幕出现了：朝廷以山西总兵张鸿功和山西巡抚耿如杞治下无方为由，将抓捕二人入狱。
然后两人带来的边军兵士便一哄而散，跑回了山西。这之后朝廷便把把张鸿功、耿如杞二人处死，这一路的勤王军算是没了。
另外，延绥这一路的勤王军，因为总兵吴自勉克扣军粮（明末边军中这种情况很普遍），从而导致大量士兵在半路逃回延绥。
而延绥巡抚张梦鲸者因为此事又怕又怒，居然忧愤而死，又一路的勤王军没了。
同样因为没有发下安家粮的原因，甘肃勤王军在安定县也发生了哗变：军士王进财等人在矛盾激化后，煽动士兵杀了阻拦的参将，抢夺营中钱粮跑路回了老家。
就这样，原本气势汹汹的几路勤王边军，就因为朝廷的财政和**问题，全部在半路溃散掉了。
最可怕的是，这些具备了军事技能的逃兵，他们中的大部分人后来都加入了正在山陕起事的各路农民军：高迎祥，王嘉胤，张献忠，还有已经冒头的李快递，逃兵成为了各路闯王老营的骨干力量。
由此带来的影响：边镇精锐被抽调一空，农民军实力大涨。以崇祯三年为界，各路闯王进一步凝聚了力量，开始试探着在明国北方大范围流窜起来。
如果说己巳之变之前，大明还是一座外观破烂的大楼，那么这之后，大楼就已经倒塌了第一根承重柱，成为了真正的危房。
而在这个位面，尽管穿越众出手及时打了补丁，但是大明这栋破楼内部的钢筋早已锈蚀。从全局来看，崩溃是不可逆的，穿越众并不能挽救局面。
或者说，穿越众其实也不想挽救不破不立。