接下来的几天朱由校应付来自群臣的各种弹劾奏疏，其中，兵科给事中杨涟上奏，辽东经略熊廷弼，连疆警报连接不断，攻击他的言论也越来越多，既然不能集中精神对付建奴，就应该缴还尚方剑，回来待罪（边警日闻，人言屡至，暨不能全副精神誓清丑7还尚方，席蒿待罪不宜效）。
他还提出，朝廷应当集思广益，找一个得当的人经略辽东，以后任命官员，要在任命之前仔细讨论，而不要在任命以后再议论纷纷。
并请治李维翰，杨镐，李如桢丧师辱国之罪，以为后人戒。
而后又有越来越多的官员弹劾熊庭弼，由于受到东林党官员的不断弹劾，不堪舆论压力，只得上奏皇帝为自己辩解，并请求罢官回乡。
对于熊庭弼，朱由校还是有一些基本认识的。明光宗泰昌元年（1620）八月，时明神宗方死，明光宗即位。努尔哈赤再率兵攻打沈阳，熊廷弼亲自督阵，击退后金，于是辽东局势初步稳定下来。
熊廷弼在任期间督造军器，修缮城堡，调兵遣将扼守各冲要地点，互为应援，守备大固。他还亲巡沈阳、抚顺，相度形势，召置流移，安定民心。熊廷弼的策略是以守为主，反对浪战，并联合朝鲜牵制后金，卓有成效，使后金军一年多内不敢轻进。
从熊庭弼的为政举措来看，能够在短时间内稳定辽东节节败退的局势，他还是有些能力的，鉴于后来东林党人推荐的袁应泰在沈阳指挥不力，让努尔哈赤给攻下来了，其本人也自杀身亡。
朱由校本想保下熊庭弼，可无奈反对熊庭弼的人越来越多，自己如果一直坚持不罢掉熊廷弼的经略之职，不光自己要承受能力，而且压力最后还是会落在熊廷弼身上，对他的也攻击会越来越多。
无可奈何，朱由校只好同意熊庭弼的辞官请求。
而后，群臣推荐，以现辽东巡抚袁应泰为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，经略辽东。
袁应泰接旨后上奏自己能力有限，恐怕会误了国事，不敢任辽东经略，但以赵南星，杨涟，周嘉谟，左光斗，韩爌，等人为主要分子的东林党大臣们力荐袁应泰，觉得只有自己人才可靠。
朱由校知道袁应泰修水利工程，当包工头还行，带兵打仗就算了吧。原本历史上，这位袁经略收编叛军和蒙古人，引狼入室，让老奴在极短时间内攻克沈辽两座辽东重镇。
要是派他去，估计还是跟原来历史一样。
所以，绝不能派他一人前去主政辽东军政。
于是朱由校命无党派的袁可立调任为辽东经略，为一把手；而袁应泰为辽东巡抚，二把手，赐尚方剑，便宜行事。并且命袁应泰全力辅助经略袁可立。
袁可立此人在当御史的时候，因为说话太耿直，被神宗皇帝削职为民了。直到泰昌皇帝继位后才给他平反。袁可立不仅在当御史时雷厉风行、刚正不阿，而且打仗也是把好手。
天启二年四月，六十岁的袁可立正式受命，出任登莱巡抚，挑起了大明朝边防线上的重担子。
而此时的登莱乃山东全境，却正如烂摊一般，各地白莲乱军四起，兵士纷纷逃亡。
袁可立上任路上，曾多次遭到乱军袭扰。
面对危急境地，袁可立毫无惧色，甚至亲自带兵冲杀敌阵，连他六十多岁的夫人，也亲自上阵擂鼓助威。走一路杀一路，最后才算有惊无险，赶到了风雨飘摇的登莱。
不到三年时间，逆转残破不堪的登莱局势：乱军全数被扫平，海岸线上修起了坚固炮台，市面上商旅往来繁荣，海面上战舰云集，一支战斗力强大，规模多达五万的崭新部队华丽登场。
天启三年，袁可立与苦战皮岛的毛文龙密切配合，多次袭扰后金部队，重创八旗。同年七月，袁可立的部将张盘一举攻克金州，拿下旅顺望海堡等要地，收复了辽南失地。
袁可立担任登莱巡抚期间，与后金前后交手七次，每一次都以完胜告终，把后金八旗牢牢地压制在辽南之外。后来，又成功策反刘兴祚，
派一个这样的“牛人”过去，准没错，保证把建奴打回老家。
朱由校原先打算要熊庭弼继续任镇守辽东，但奈何这些东林喷子势力太盛，一直不肯。
任命袁可立又被反对，不过，朱由校力排众议，执意要任命袁可立，否则就留任熊庭弼。
于是各自退一步，让袁可立为一把手，袁应泰为二把手，使二袁共同负责辽东军政。