日海幼年出家，他天资聪颖，不但精研禅宗义理，而且在围棋上表现出惊人的天资，后来拜入棋坛强豪仙也门下，棋艺一日千里，二十岁时已成日本第一棋手。
公元1578年，二十岁的日海受以天下布武之雄心而闻名的大名织田信长之邀，与他下了一局让五子的让子棋。即使相让五子，日海仍然一战而胜，信长叹服于日海的棋艺，敬称他为“名人”。
自此之后，“名人”成为了日本棋界第一人的称号，这也是如今日本棋坛七大头衔战中与“本因坊战”齐名的“名人战”的由来。
织田信长在四年之后遭到心腹家臣明智光秀的背叛，死于本能寺之变中。这是日本史上最著名也是最多谜团的政变。传说当日信长在行军途中邀请日海与另一位围棋高手鹿盐利玄于本能寺对弈，两人下出了极其罕见的三劫循环，劫争不断，难分胜负，最后只能以和局作结。
是夜，在本能寺的熊熊烈火之中，织田信长这位自号“第六天魔王”的战国英杰饮恨而终，一统日本的宏图霸业也半途夭折。三劫循环因此染上了最凶最险的不祥之名。
信长死后，他的部将丰臣秀吉完成了一统日本的大业，自号太阁，独揽政权。秀吉也是爱棋之人，他对日海敬重有加，不但拜日海为师学习棋艺，还令他受朝廷俸禄，统领全国棋士。真正的职业围棋自此开始萌芽。
丰臣秀吉病逝之后，德川家康一举夺取政权，建立了日后统治日本二百六十余年的德川幕府。德川家康也好围棋，在他主政日本之后，给予了棋手更多的优待，制定了棋士俸禄授予、棋力认定等制度，并创立象征围棋第一人的“名人碁所”这一官职。
同时，日海改名本因坊算砂，建立了日本棋界第一世家本因坊家，与安井家、井上家、林家并称为四大围棋世家。这四大世家其实是四大围棋门派，每年由四家中最强的棋手在将军或者天皇面前进行御城棋战，赌上一家一派之兴衰，血战于棋盘之上，争夺“名人碁所”的归属。这样的御城棋，或称天览棋，不再只是游戏而已，而是被认为犹如武士决斗般庄严且光荣。
棋士们受到朝廷供养得以心无旁骛地钻研围棋，而为了争夺“名人碁所”这一棋坛的武林盟主之位，各家各派的棋手们更是发奋钻研，向着棋道的更高境界不断冲击。职业围棋由此诞生。
本因坊算砂棋艺高超，更兼长袖善舞，游走于日本战国时代三大英杰身旁，一力促成了职业围棋的诞生，除此之外，他还废除了座子制，使得下棋之前不必先在星位上放置两黑两白四个座子，而是可以在棋盘三百六十一个点上任意落子，围棋的天地由此一阔。算砂当之无愧地成就了围棋史上的第一次重大变革。
算砂之后，本因坊家始终雄踞棋坛巅峰，先后涌现出道策、丈和、秀和、秀策、秀荣等天才人物，不断推动围棋的发展。其中尤以号称历代最强的本因坊秀策最为光芒万丈，他于御城棋战中一生不败，成就当之无愧的棋圣之名，而他三十多岁英年早逝的悲剧更令无数棋手至今仍然扼腕叹息。日本著名围棋漫画棋魂中的佐为就是以秀策为原型，这亦是后人对于这位天才的哀思所寄。
明治维新之后，德川幕府淹没于历史的尘埃之中，御城棋战由此终止，对于职业棋手的供奉也不再继续。在那之后，围棋界进入了新闻棋战的时代。