宇宙空间站。
正在值班的沈元气，发现了300万年一遇的黑子漂流。他的父亲希望他元气满满，所以名字才这么有趣。
随着地球自转经过“太阳黑子区域”的黑暗物质时，宇宙会发生一些奇异现象。元气为了救人，自身陷入了危险。
幸好遇到了某位大人！
被佐菲利用“光之国黑科技”转化为宇宙人的沙福林，浪迹宇宙，顺便救下了元气。
在这起事故中奇迹生还的元气，返回地球加入了Heart队，也称“哈特队”。
因为黑暗物质的影响，地球开始出现一些巨大化生物，这是地球首次出现怪兽。
是的，确实是第一次！
元气与队友奈奈，前去调查一个因为黑暗物质而变得怪异的矿洞，那里面孕育着即将苏醒的矿脉怪兽。
一只柴犬感应到危险冲了进去，小主人也追了进去。哈特队员奈奈，开车前去营救，却遭遇怪兽苏醒晕在矿洞里。
哈特队前去阻止怪兽。
结果发现了奈奈的车，他们的行动遭遇了第一个难题，究竟是攻击怪兽，拯救多数人呢？还是暂时放任怪兽，先救出奈奈与小男孩？
这还用考虑吗？
身为光的战士，元气当然是先救人了。
在赛文21的帮助下，元气成功变身为奈欧斯，救下了奈奈与小男孩，当然也包括那只狗子。
剧情进展到这里，其实就跟绝大多数奥特TV剧没什么区别。
接下来无非是奥特曼大发神威，拯救万民于水火之中，被当做英雄呗！
可事实并非如此……
奈欧斯初次登场，却被哈特队当成了敌人，认为他是和怪兽一样的威胁，并遭遇了攻击。
奈欧斯不能还手！
他只能躲避来自队友的进攻，然后费力不讨好地消灭怪兽。
结果战斗过程中，不小心破坏了一处葡萄园，被匆匆赶来的果园主痛骂不止。
更难受的是……
元气变身时，奈奈与小男孩都处于“晕厥”状态，他们并不知道是奥特曼救了自己。
除了那只清醒的狗！
哈特队将这起“奥特曼打怪兽”的事件，定义为“狗咬狗”，双方都是对“人类生存”有着巨大威胁的不明生物。
元气据理力争，可这只是徒劳。
因为奥特曼与怪兽战斗时，破坏了大片葡萄园，如果不把锅甩给奥特曼，谁来安抚“暴怒”的果园主？
让哈特队赔偿他吗？
很明显，这不现实。
元气想让奈奈帮奥特曼说两句好话，结果奈奈并不知道自己被奥特曼所救，拒绝了他的提议。
甚至还劝他，不要太天真。
“我们哈特队，可是要为全体人类负责的机构。你连那个巨人叫什么都不知道，凭什么认定他对人类无害？”
“防人之心不可无，队长这么做也是为了人类考虑……”
奈奈的态度，让元气心灰意冷。
他甚至产生了，早知道会变成这样，我就不会拼命去救她的想法。
直到小男孩出现。
牵着狗狗的小男孩，亲手做了一个“奥特曼”面具，戴在脸上和狗狗打闹。
“他救了我！”
“这是福满多告诉我的，奥特曼救了我，他是一个大英雄！”
福满多是那只狗的名字。
望着小男孩，元气重新恢复了斗志。他并不后悔自己救人的选择，暂时的误会是可以消除的，他对此深信不疑。
因为，还有人相信他！
《奈欧斯奥特曼》的第一集，便在小男孩牵着柴犬离去的背影中结束。
但这一集掀起的风波，还远远没有结束。
奈欧斯创下了多个记录！
第一个有完整“新手教学”的奥特曼，第一个有明确“新手导师”的奥特曼，第一个被战队攻击的奥特曼……
这些都是观众热议的点。
网上吵得不可开交。
有人说，奈欧斯简直太冤了。
明明救了两人一狗，结果两个人全是昏迷状态，唯一能作证的狗，还不能张口说话。
还有那个果园主，虽然葡萄园被毁，但救人一命胜造七级浮屠的道理不懂吗？只顾着自己的利益，完全没想过，如果奥特曼不来消灭怪兽，会有多少人因此殒命？
也有人为剧中角色辩解。
葡萄园毕竟是一生心血，也是维持一家人生计的重要产业，贸然被毁，谁不生气？
有些人就是站着说话不腰疼，喜欢站在上帝视角看待问题。如果换成他家的产业被毁，没准会比剧中的果园主更加生气。
至于哈特队的选择，其实也没多大问题。
毕竟人类没有见过奥特曼，也没有见过怪兽。你才第一次见面，就能确定对方是敌是友了？
双方吵得不可开交！
不过这毕竟是第一集，很多背景世界观都没交待清楚，大家争吵归争吵，其实情绪也不是很激动。
但紧随而来的第二集，却彻底点燃了观众心里的不满。
《谜之黑暗物质》！
第二集讲述了三个孩子，亲眼目睹一座高塔在瞬间“拔地而起”，于是汇报给了哈特队。
哈特队不以为意。
但长官的孩子，就在那附近上学，所以长官指示哈特队，一定要将这件事调查清楚。
哈特队无奈，派出元气与奈奈前去调查，象征性“糊弄”一下长官。
结果不出所料！
成年人的世界，通常只有公司和家庭，谁会在乎这座城市，突然冒出一座高塔？难道你996加班不够累，还有心思关注这些都市传说？
奈奈断言，这就是小孩胡闹，刻意编造出的谎言。
她准备向队长汇报。
但元气觉得，这事没那么简单。他独自一人，前去高塔附近探查，结果还真有发现。
原来是萨姆星人搞的鬼！
正当元气想出手时，神秘白衣女子出来了，原来她是赛文21的化身。
她告诉元气，萨姆星人是一群爱好和平的宇宙人，他们的母星受到黑暗物质影响，逃到地球，准备利用黑暗物质进化重建母星。
萨姆星人的首领也出来了！
他向元气表示，萨姆星人绝不为恶。一旦进化失败，希望他能为自己料理后事，解决一些不该有的麻烦。
进化实验一旦开始，便不可能停下，因为停下会对地球造成不良影响。
元气选择按兵不动。
可惜的是，萨姆星人的进化实验失败了，变成了凶残恐怖的怪兽。
这时候，元气也终于想起了自己被“沙福林”所救，获得奈欧斯认可的记忆。